La construcción del Tren Maya ha fragmentado y alterado uno de los ecosistemas más importantes del mundo que fue decretado área natural protegida en 1989 e inscrita en 2002 como “Patrimonio de la Humanidad” en la lista de la Unesco: la Reserva de la Biósfera de Calakmul.
A finales de 2022 el Ejército inició la devastación de esta selva cuando el presidente Andrés Manuel López Obrador ordenó la construcción del tramo 7 del Tren Maya, que conecta Chetumal, Quintana Roo, con Escárcega, Campeche.
En el acceso a la zona arqueológica de Calakmul se construye, desde hace dos años, una estación del Tren Maya y un hotel con 144 habitaciones, lo cual ha ocasionado la tala de cientos de árboles en una región que era considerada núcleo de la reserva.
Calakmul es uno de los territorios con mayor biodiversidad del país. Aquí habitan 80% de las especies vegetales de toda la Península de Yucatán, 350 especies de aves y es refugio de casi 100 especies de mamíferos, algunos en peligro de extinción.